Cappella delle apparizioni – è il vero cuore del santuario. Fu la prima costruzione fatta nella Cova da Iria, sul luogo delle apparizioni della Madonna. Il posto esatto è indicato da una colonna di marmo sulla quale è posta l’immagine della Madonna. Qui convergono i quattro milioni di pellegrini che annualmente visitano il Santuario. La prima Messa è stata celebrata il 13 ottobre 1921.
Basilica – iniziata nel 1928 e consacrata il 7 ottobre 1953. i 15 altari laterali sono dedicati ai 15 misteri del Rosario. Nella navata si trovano le statue dei grandi apostoli del Rosario e della devozione al Cuore Immacolato di Maria: Sant’Antonio Maria Claret, San Domenico di Guzman, San Giovanni Eudes, e santo Stefano di Ungheria. La Basilica custodisce le tombe dei veggenti Francesco e Giacinta e Lucia.
Il quadro dell’altar maggiore rappresenta il messaggio della Madonna ai veggenti, preparati dall’Angelo del Portogallo attraverso il loro incontro con Cristo nell’Eucarestia. Si vede il Vescovo della Diocesi in ginocchio al lato sinistro e le figure di Pio XII (che consacrò il nondo al Cuore immacolato di Maria nel 1942), di Giovanni XXIII e di Paolo VI.
